L’església de Nostre Senyora la Real es va fundada cap al 1300, sota la protecció dels reis de Mallorca i a prop del seu castell. Era la parròquia del castell reial. Es va construir per iniciativa dels cònsols de la ciutat, en el lloc on hi havia hagut l’església, el claustre i cementiri dels Frares de la Penitència de Jesús Crist.
L’any 1338, el papa Benet XII hi institueix una col·legiata. Uns anys més tard, en el 1408, quan hi ha el gran cisma d’Occident, aquí va tenir lloc el concili presidit per Benet XIII, el darrer papa d’Avinyó. L’any 1540, per ordre del governador, la torre campanar és arrasada. L’any 1592 es va secularitzar i en el segle XVIII aquesta col·legiata es va integrar a la de la catedral de Perpinyà.